10 20 30 40 50 | | | | | |Bostaurus ---SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLV--G-VGallus ---GELELHPPAFPWSHGGPLSALDHSSVRRGFQVYKQVCSACHSMDYVAFRNLI--G-VSaccharocere MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLV--G-VRbCapsulatus lgsgaalaNSNVPDHAFSFEGIFGKYDQAQLRRGFQVYNEVCSACHGMKFVPIRTLADDGGPRbsphaeroides gaamaaGGAGHIEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGP : .:*. * : *: .::** *** :**::**.:. *. * * * Prim.cons. ------2LHVPD222S2EGPFG2FD2A2LRRGFQVYKEVCSACH2M2FV2IRTL2--G22 60 70 80 90 100 110 | | | | | |Bostaurus CYTEDEAKALAEEVE-VQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLGallus THTEAEAKALAEEVE-VQDGPDENGELFMRPGKISDYFPKPYPNPEAARADNNGALPPDLSaccharocere SHTNEEVRNMAEEFE-YDDEPDEQGNPKKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLRbCapsulatus QLDPTFVREYAAGLDTIID--KDSG--EERDRKETDMFPTRVGD----------GMGPDLRbsphaeroides ELPEDQVRAYATQFT-VTD--EETG--EDREGKPTDHFPHSALE-----------NAPDL .: * . * .: * * * :* :* : ***Prim.cons. QLTE2EVRAYAEE3E-V2D-22ESG--E2RPGK22DYFP2PYPN--2222-2-2ALPPDL 120 130 140 150 | ----------------- | - | -- | Bostaurus SYIVRARH-----------------GGEDYVFSLLTGY-CEPPTGVSLR--EGLYFNPYFGallus SYIVYARH-----------------GGEDYVFSLLTGY-CDPPAGVVVR--EGLHYNPYFSaccharocere SLIVKARH-----------------GGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALP--PGSNYNPYFRbCapsulatus SVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGMGGPEYIYNYVIGF-EENPECAPEG-IDGYYYNKTFRbsphaeroides SLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHEPDGFYYNRAF * :. ** ** :*:: : *: : * . * :* *Prim.cons. S322KAR222-22-2-2--222-2-GGP2YI2SLLTG2PEEPPA22P22--DG2YYNPYF 160 170 180 190 | | | | Bostaurus P------------------GQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEGallus P------------------GQAIGMAPPIYNEILEYDDGTPATMSQIAKDVCTFLRWAAESaccharocere P------------------GGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAERbCapsulatus QIGGVPDTCKDAAGVKITHGSWARMPPPLVDDQVTYEDGTPATVDQMAQDVSAFLMWAAERbsphaeroides QNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAE * *. : :: : : ** *: :.:** :** *.**Prim.cons. 2-2-22222222-2-2-2-GSWI2M2PPL2DDLVEYEDGTPATVSQMAKDV2TFLMWAAE 200 210 220 230 240 250 | | | | | | Bostaurus PEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK---Gallus PEHDQRKRMGLKMLLISALLTSLLYYMKRHKWSVLKSRKMAYRPPK---Saccharocere PEHDERKRLGLKTVIILSSLYLLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRKRbCapsulatus PKLVARKQMGLVAMVMLGLLSVMLYLTNKRLWAPYKGHKA---------Rbsphaeroides PKLMARKQAGFTAVMFLTVLSVLLYLTNKRLWAGVKGKKKTNV------ *: **: *: ::: * : :: *: * :* Prim.cons. P22DARK2MGLKAV2MLGLLSVLLYLT2KR2WA32K2RKAAYRPPKPRK
10 20 30 40 50 | | | | | |Bostaurus
---
SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLV--G-VGallus
GELELHPPAFPWSHGGPLSALDHSSVRRGFQVYKQVCSACHSMDYVAFRNLI--G-VSaccharocere MTAAEHGLHAPAYAWSHNGPFETFDHASIRRGYQVYREVCAACHSLDRVAWRTLV--G-VRbCapsulatus
lgsgaala
NSNVPDHAFSFEGIFGKYDQAQLRRGFQVYNEVCSACHGMKFVPIRTLADDGGPRbsphaeroides
gaamaaGGAGHIEDVPFSFEGPFGTFDQHQLQRGLQVYTEVCAACHGMKFVPIRSLSEPGGP : .:*. * : *: .::** *** :**::**.:. *. * * * Prim.cons. ------2LHVPD222S2EGPFG2FD2A2LRRGFQVYKEVCSACH2M2FV2IRTL2--G22
60
70 80 90 100 110 |
| | | | |Bostaurus CYTEDEAKALAEEVE-VQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLGallus THTEAEAKALAEEVE-VQDGPDENGELFMRPGKISDYFPKPYPNPEAARADNNGALPPDLSaccharocere SHTNEEVRNMAEEFE-YDDEPDEQGNPKKRPGKLSDYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLRbCapsulatus QLDPTFVREYAAGLDTIID--KDSG--EERDRKETDMFPTRVGD----------GMGPDLRbsphaeroides ELPEDQVRAYATQFT-VTD--EETG--EDREGKPTDHFPHSALE-----------NAPDL .: * . * .: * * * :* :* : ***Prim.cons. QLTE2EVRAYAEE3E-V2D-22ESG--E2RPGK22DYFP2PYPN--2222-2-2ALPPDL
120
130 140 150 |
-----------------
|
-
--
| Bostaurus SYIVRARH-----------------GGEDYVFSLLTGY-
C
EPPTGVSLR--EGLYFNPYFGallus SYIVYARH-----------------GGEDYVFSLLTGY-
DPPAGVVVR--EGLHYNPYFSaccharocere SLIVKARH-----------------GGCDYIFSLLTGYPDEPPAGVALP--PGSNYNPYFRbCapsulatus SVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGMGGPEYIYNYVIGF-EENPECAPEG-IDGYYYNKTFRbsphaeroides SLMAKARAGFHGPMGTGISQLFNGIGGPEYIYSVLTGFPEEPPKCAEGHEPDGFYYNRAF * :. ** ** :*:: : *: : * . * :* *Prim.cons. S322KAR222-22-2-2--222-2-GGP2YI2SLLTG2PEEPPA22P22--DG2YYNPYF
160 170 180
190 | | | | Bostaurus P------------------GQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEGallus P------------------GQAIGMAPPIYNEILEYDDGTPATMSQIAKDVCTFLRWAAESaccharocere P------------------GGSIAMARVLFDDMVEYEDGTPATTSQMAKDVTTFLNWCAERbCapsulatus QIGGVPDTCKDAAGVKITHGSWARMPPPLVDDQVTYEDGTPATVDQMAQDVSAFLMWAAERbsphaeroides QNGSVPDTCKDANGVKTTAGSWIAMPPPLMDDLVEYADGHDASVHAMAEDVSAFLMWAAE * *. : :: : : ** *: :.:** :** *.**Prim.cons. 2-2-22222222-2-2-2-GSWI2M2PPL2DDLVEYEDGTPATVSQMAKDV2TFLMWAAE
200 210 220 230 240
250 | | |
Bostaurus PEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK---Gallus PEHDQRKRMGLKMLLISALLTSLLYYMKRHKWSVLKSRKMAYRPPK---Saccharocere PEHDERKRLGLKTVIILSSLYLLSIWVKKFKWAGIKTRKFVFNPPKPRKRbCapsulatus PKLVARKQMGLVAMVMLGLLSVMLYLTNKRLWAPYKGHKA---------Rbsphaeroides PKLMARKQAGFTAVMFLTVLSVLLYLTNKRLWAGVKGKKKTNV------ *: **: *: ::: * : :: *: * :* Prim.cons. P22DARK2MGLKAV2MLGLLSVLLYLT2KR2WA32K2RKAAYRPPKPRK
1 Bostaurus 352 2 Gallus 351 3 Saccharocere 352 4 Saccharo-pre 352 5 RbCapsulatus 342 6 Rb.sphaeroides 348 BOS CHICK YEAST Y.Prec Rb.c Rb.s 62 -- -- M1 M62 -- -- 63 -- -- T2 T63 -- -- 64 -- -- A3 A64 -- -- 65 S1 G1 A4 A65 -- -- 66 D2 E2 E5 E66 L- G_ 67 L3 L3 H6 H67 A0 G- 68 E4 E4 G7 G68 N1 A- 69 L5 L5 L8 L69 S2 G0 70 H6 H6 H9 H70 N3 H1 71 P7 P7 A10 A71 V4 V2 72 P8 P8 P11 P72 P5 E3 73 S9 A9 A12 A73 D6 D4 74 Y10 F10 Y13 Y74 H7 V5 75 P11 P11 A14 A75 A8 P6 76 W12 W12 W15 W76 F9 F7 77 S13 S13 S16 S77 S10 S8 78 H14 H14 H17 H78 F11 F9 79 R15 G15 N18 N79 E12 E10 80 G16 G16 G19 G80 G13 G11 81 L17 P17 P20 P81 I14 P12 82 L18 L18 F21 F82 F15 F13 83 S19 S19 E22 E83 G16 G14 84 S20 A20 T23 T84 K17 T15 85 L21 L21 F24 F85 Y18 F16 86 D22 D22 D25 D86 D19 D17 87 H23 H23 H26 H87 Q20 Q18 88 T24 S24 A27 A88 A21 H19 89 S25 S25 S28 S89 Q22 Q20 90 I26 V26 I29 I90 L23 L21 91 R27 R27 R30 R91 R24 Q22 92 R28 R28 R31 R92 R25 R23 93 G29 G29 G32 G93 G26 G24 94 F30 F30 Y33 Y94 F27 L25 95 Q31 Q31 Q34 Q95 Q28 Q26 96 V32 V32 V35 V96 V29 V27 97 Y33 Y33 Y36 Y97 Y30 Y28 98 K34 K34 R37 R98 N31 T29 99 Q35 Q35 E38 E99 E32 E30 BOS CHICK YEAST Y.Prec Rb.c Rb.s 100 V36 V36 V39 V100 V33 V31 101 C37 C37 C40 C101 C34 C32 C 102 S38 S38 A41 A102 S35 A33 X 103 S39 A39 A42 A103 A36 A34 X 104 C40 C40 C43 C104 C37 C35 C 105 H41 H41 H44 H105 H38 H36 H heme-binding fingerprint 106 S42 S42 S45 S106 G39 G37 107 M43 M43 L46 L107 M40 M38 108 D44 D44 D47 D108 K41 K39 109 Y45 Y45 R48 R109 F42 F40 110 V46 V46 V49 V110 V43 V41 111 A47 A47 A50 A111 P44 P42 leaving strand for forked loop 112 Y48 F48 W51 W112 I45 I43 113 R49 R49 R52 R113 R46 R44 114 H50 N50 T53 T114 T47 S45 115 L51 L51 L54 L115 L48 L46 116 V52 I52 V55 V116 A49 S47 117 -- -- -- -- D50 E48 118 -- -- -- -- D51 P49 119 G53 G53 G56 G117 G52 G50 Gly in turn of 1st branch, forked loop 120 -- -- -- -- G53 G51 Longer in Rb 121 V54 V54 V57 V118 P54 P52 122 C55 T55 S58 S119 Q55 E53 123 Y56 H56 H59 H120 L56 L54 124 T57 T57 T60 T121 D57 P55 125 E58 E58 N61 N122 P58 E56 126 D59 A59 E62 E123 T59 D57 127 E60 E60 E63 E124 F60 Q58 128 A61 A61 V64 V125 V61 V59 129 K62 K62 R65 R126 R62 R60 130 A63 A63 N66 N127 E63 A61 131 L64 L64 M67 M128 Y64 Y62 132 A65 A65 A68 A129 A65 A63 133 E66 E66 E69 E130 A66 T64 134 E67 E67 E70 E131 G67 Q65 135 V68 V68 F71 F132 L68 F66 136 E69 E69 E72 E133 D69 T67 137 -- -- -- -- T70 -- 138 V70 V70 Y73 Y134 I71 V68 139 Q71 Q71 D74 D135 I72 T69 140 D72 D72 D75 D136 D73 D70 141 G73 G73 E76 E137 -- -- 142 P74 P74 P77 P138 -- -- 143 N75 D75 D78 D139 K74 E71 144 E76 E76 E79 E140 D75 E72 145 D77 N77 Q80 Q141 S76 T73 146 G78 G78 G81 G142 G77 G74 Gly in turn of 2nd branch, forked loop 147 E79 E79 N82 N143 -- -- Shorter in Rb 148 M80 L80 P83 P144 -- -- 149 F81 F81 K84 K145 E78 E75 BOS CHICK YEAST Y.Prec Rb.c Rb.s 150 M82 M82 K85 K146 E79 D76 151 R83 R83 R86 R147 R80 R77 152 P84 P84 P87 P148 D81 E78 153 G85 G85 G88 G149 R82 G79 154 K86 K86 K89 K150 K83 K80 155 L87 I87 L90 L151 E84 P81 156 S88 S88 S91 S152 T85 T82 157 D89 D89 D92 D153 D86 D83 returning strand of forked loop 158 Y90 Y90 Y93 Y154 M87 H84 (not really beta structure) 159 F91 F91 I94 I155 F88 F85 160 P92 P92 P95 P156 P89 P86 161 K93 K93 G96 G157 T90 H87 162 P94 P94 P97 P158 R91 S88 163 Y95 Y95 Y98 Y159 V92 A89 164 P96 P96 P99 P160 G93 L90 165 N97 N97 N100 N161 D94 E91 166 P98 P98 E101 E162 -- -- 167 E99 E99 Q102 Q163 -- -- 168 A100 A100 A103 A164 -- -- 169 A101 A101 A104 A165 -- -- 170 R102 R102 R105 R166 -- -- Helix alpha-2' 171 A103 A103 A106 A167 -- -- absent in bacterial bc1 172 A104 D104 A107 A168 -- -- 173 N105 N105 N108 N169 -- -- 174 N106 N106 Q109 Q170 -- -- 175 G107 G107 G110 G171 -- -- 176 A108 A108 A111 A172 G95 -- 177 L109 L109 L112 L173 M96 N92 178 P110 P110 P113 P174 G97 A93 179 P111 P111 P114 P175 P98 P94 P 180 D112 D112 D115 D176 D99 D95 D- heme-bracing 181 L113 L113 L116 L177 L100 L96 L 182 S114 S114 S117 S178 S101 S97 183 Y115 Y115 L118 L179 V102 L98 184 I116 I116 I119 I180 M103 M99 185 V117 V117 V120 V181 A104 A100 186 R118 Y118 K121 K182 K105 K101 187 A119 A119 A122 A183 A106 A102 188 R120 R120 R123 R184 R107 R103 189 H121 H121 H124 H185 A108 A104 190 -- -- -- -- G109 G105 191 -- -- -- -- F110 F106 192 -- -- -- -- S111 H107 193 -- -- -- -- G112 G108 194 -- -- -- -- P113 P109 195 -- -- -- -- A114 M110 196 -- -- -- -- G115 G111 197 -- -- -- -- S116 T112 Rbc 109-125: 198 -- -- -- -- G117 G113 loop which covers heme 199 -- -- -- -- M118 I114 propionates in cyt c, c2; BOS CHICK YEAST Y.Prec Rb.c Rb.s 200 -- -- -- -- N119 S115 absent in euk cyt c1, 201 -- -- -- -- Q120 Q116 displaced in Rb c1 202 -- -- -- -- L121 L117 203 -- -- -- -- F122 F118 204 -- -- -- -- K123 N119 205 -- -- -- -- G124 G120 206 -- -- -- -- M125 I121 207 G122 G122 G125 G186 G126 G122 208 G123 G123 G126 G187 G127 G123 209 E124 E124 C127 C188 P128 P124 H 210 D125 D125 D128 D189 E129 E125 H 211 Y126 Y126 Y129 Y190 Y130 Y126 H 212 V127 V127 I130 I191 I131 I127 H 213 F128 F128 F131 F192 Y132 Y128 H hELIX ALPHA-3 214 S129 S129 S132 S193 N133 S129 H 215 L130 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244 -- -- -- -- G161 G159 245 -- -- -- -- G162 S160 246 -- -- -- -- V163 V161 247 -- -- -- -- P164 P162 248 -- -- -- -- D165 D163 249 -- -- -- -- T166 T164 BOS CHICK YEAST Y.Prec Rb.c Rb.s 250 -- -- -- -- C167 C165 C Disulfide Cys 251 -- -- -- -- K168 K166 252 -- -- -- -- D169 D167 253 -- -- -- -- A170 A168 254 -- -- -- -- A171 N169 255 -- -- -- -- G172 G170 256 -- -- -- -- V173 V171 257 -- -- -- -- K174 K172 258 -- -- -- -- I175 T173 259 -- -- -- -- T176 T174 260 -- -- -- -- H177 A175 261 G155 G155 G159 G220 G178 G176 262 Q156 Q156 G160 G221 S179 S177 263 A157 A157 S161 S222 W180 W178 264 I158 I158 I162 I223 A181 I179 265 G159 G159 A163 A224 R182 A180 266 M160 M160 M164 M225 M183 M181 Met heme ligand 267 A161 A161 A165 A226 P184 P182 268 P162 P162 R166 R227 P185 P183 269 P163 P163 V167 V228 P186 P184 270 I164 I164 L168 L229 L187 L185 271 Y165 Y165 F169 F230 V188 M186 272 N166 N166 D170 D231 D189 D187 273 E167 E167 D171 D232 D190 D188 274 V168 I168 M172 M233 Q191 L189 275 L169 L169 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